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Gérer plusieurs sociétés : holding, SCI et société d'exploitation sans s'y perdre

Gérer plusieurs sociétés : holding, SCI et société d'exploitation, comptabilités séparées, flux entre sociétés et conventions à respecter. Le guide pratique.

7 min de lecturePar l'équipe WeeGestion

Équipe réunie autour d'une grande table de réunion avec des ordinateurs portables
Photo : Christina Morillo via StockSnap (CC0)

Une SCI qui détient les murs, une société qui exploite le fonds, parfois une holding au-dessus et une deuxième activité à côté : beaucoup de dirigeants se retrouvent à la tête de plusieurs structures sans l'avoir vraiment planifié. Chaque société est une personne juridique distincte, avec sa comptabilité, sa TVA et ses obligations. Voici comment organiser l'ensemble pour qu'il reste lisible, et quelles règles encadrent l'argent qui circule entre elles.

Pourquoi créer plusieurs sociétés plutôt qu'une seule ?

Les raisons sont souvent bonnes, à condition de les connaître. Les montages les plus fréquents dans les TPE et PME :

  • SCI + société d'exploitation : la SCI achète le local et le loue à la société qui exerce l'activité. Le patrimoine immobilier est séparé des risques de l'exploitation.
  • Holding + filiales : une société détient les parts d'une ou plusieurs sociétés opérationnelles. Elle centralise la trésorerie, facilite l'entrée d'associés ou la transmission, et peut porter des participations dans plusieurs activités.
  • Plusieurs activités distinctes : un restaurateur qui ouvre un traiteur, un plombier qui lance une activité de vente de matériel. Séparer permet de mesurer chaque activité, de limiter la contagion d'un échec et, le jour venu, de vendre l'une sans l'autre.

Le revers : plus de comptabilités, plus de déclarations, plus de frais (expert-comptable, banque, greffe) et des flux entre sociétés à documenter. Créer une société de plus n'a de sens que si le bénéfice attendu dépasse clairement ces coûts. C'est une décision à prendre avec votre expert-comptable et, souvent, un avocat.

Faut-il une comptabilité séparée pour chaque société ?

Oui, sans exception. Chaque société a son propre SIREN, son propre compte bancaire, sa propre comptabilité, son propre fichier des écritures comptables et ses propres déclarations de TVA et d'impôt. Même si vous êtes le seul dirigeant des trois structures, rien ne doit se mélanger.

Les erreurs que l'on voit le plus souvent :

  • payer une facture de la SCI avec la carte bancaire de la société d'exploitation ;
  • encaisser sur le compte de la holding le règlement d'un client de la filiale ;
  • utiliser le même fournisseur pour deux sociétés en recevant une seule facture ;
  • oublier de facturer le loyer ou les prestations entre sociétés pendant des mois.

Chaque fois, il faut ensuite reconstituer, refacturer et passer des écritures de régularisation. Le plus simple reste la discipline : une carte bancaire par société, une adresse de facturation précise pour chaque fournisseur et un SIREN correct sur chaque facture. Avec la facture électronique, le SIREN du client devient d'ailleurs une mention obligatoire (voir notre article sur les mentions obligatoires d'une facture).

Comment facturer les flux entre vos sociétés ?

Dès qu'une société rend un service à une autre, met un bien à sa disposition ou lui prête de l'argent, il y a une opération à formaliser. Le principe : des conditions normales, c'est-à-dire celles que vous auriez avec une entreprise extérieure.

FluxCe qu'il fautPoint de vigilance
Loyer de la SCI à la société d'exploitationbail écrit, facture ou avis d'échéance, paiement régulierloyer proche du prix du marché
Prestations de la holding aux filialesconvention de prestations, facture périodiqueservices réellement rendus et documentés
Refacturation de frais communsclé de répartition écrite, facturerépartition cohérente avec l'usage réel
Avance de trésorerie entre sociétésconvention écrite, taux d'intérêtà valider avec l'expert-comptable
Dividendes de la filiale à la holdingdécision d'assembléerégime fiscal à vérifier chaque année

Un exemple concret. Un garagiste détient une SCI propriétaire de l'atelier et une SARL qui exploite le garage. Des locaux comparables se louent environ 2 500 € HT par mois dans sa zone. Si la SCI facture 4 500 € pour « remonter » de l'argent, ou au contraire 500 € pour alléger les charges de la SARL, l'administration fiscale peut contester l'écart. Un loyer au prix du marché, sur la base d'un bail en bonne et due forme, évite ce débat.

Même logique pour les frais de gestion facturés par une holding à ses filiales, souvent appelés « management fees ». Ils ne sont admis en charge que s'ils rémunèrent des services réels : direction, comptabilité, commercial, informatique. Gardez la trace de ces services : comptes rendus, échanges, temps passé. Une facture annuelle forfaitaire sans contenu est l'une des premières choses que regarde un vérificateur.

Quelles conventions faut-il faire approuver ?

Quand le même dirigeant ou associé se retrouve des deux côtés d'un contrat, le droit des sociétés impose un contrôle. Ce sont les conventions réglementées.

  • Dans une SARL, l'article L223-19 du Code de commerce prévoit que le gérant présente à l'assemblée un rapport sur les conventions conclues entre la société et l'un de ses gérants ou associés, directement ou par personne interposée. Dans une SARL à associé unique, la convention est simplement mentionnée au registre des décisions.
  • Dans une SAS, l'article L227-10 prévoit un rapport du commissaire aux comptes, ou du président s'il n'y en a pas, sur les conventions passées avec le président, un dirigeant, un associé disposant de plus de 10 % des droits de vote, ou la société qui le contrôle. Les associés statuent sur ce rapport.
  • Les conventions courantes conclues à des conditions normales échappent à cette procédure (articles L223-20 et L227-11). Un loyer au prix du marché payé chaque mois peut entrer dans cette catégorie ; une avance de trésorerie importante sans intérêt, beaucoup moins sûrement.

Les statuts peuvent ajouter des règles. Vérifiez-les, et faites relire chaque convention significative par votre expert-comptable ou votre avocat.

Quels régimes fiscaux existent entre une holding et ses filiales ?

Deux régimes reviennent dans presque toutes les discussions. Ils sont techniques et leurs conditions s'apprécient au cas par cas : ce qui suit vous aide à poser les bonnes questions, pas à décider seul.

Le régime mère-fille concerne les dividendes. Lorsque la holding détient au moins 5 % du capital de la filiale et conserve ses titres au moins deux ans, les dividendes qu'elle reçoit sont exonérés d'impôt sur les sociétés, à l'exception d'une quote-part de frais et charges de 5 % qui reste imposée. Concrètement, sur 100 000 € de dividendes, seuls 5 000 € entrent dans le résultat imposable de la holding.

L'intégration fiscale va plus loin. Si la société mère détient au moins 95 % du capital de ses filiales, directement ou indirectement, et que leurs exercices ont la même durée et les mêmes dates, elle peut opter pour être seule redevable de l'impôt sur les sociétés du groupe. Les bénéfices d'une filiale peuvent alors compenser les pertes d'une autre. En contrepartie, les obligations déclaratives s'alourdissent et les opérations entre sociétés du groupe doivent être suivies de près.

Ces régimes ont des effets sur la trésorerie de chaque société, sur la rémunération du dirigeant et sur la transmission. Ne les choisissez jamais pour le seul gain fiscal de la première année.

Comment garder une vue d'ensemble sur toutes vos sociétés ?

La difficulté pratique n'est pas juridique : c'est de savoir, un lundi matin, combien chaque société a en banque, ce qu'elle doit et ce qu'on lui doit. Quelques habitudes aident beaucoup :

  1. Un calendrier commun des échéances : TVA, acomptes d'impôt, CFE, assemblées et dépôt des comptes de chaque société, au même endroit.
  2. Les factures entre sociétés émises à date fixe, par exemple le premier jour du mois pour le loyer et les prestations.
  3. Un suivi de trésorerie société par société, puis consolidé à la main pour avoir le total du groupe (notre méthode de prévision de trésorerie s'applique à chacune).
  4. Les mêmes indicateurs pour toutes : chiffre d'affaires, marge, trésorerie et factures en retard, pour comparer les activités entre elles (voir notre tableau de bord de TPE).
  5. Une revue annuelle des conventions avant les assemblées : loyers, prestations, avances, avec leurs montants de l'année.

Un logiciel qui gère plusieurs sociétés dans le même espace évite de jongler entre des comptes et des mots de passe. Avec la gestion commerciale WeeGestion, un abonnement couvre jusqu'à 5 sociétés : chacune garde ses propres clients et ses propres factures, et vous passez de l'une à l'autre depuis le même espace. Une nouvelle société se crée à partir de son numéro SIREN.

L'accueil de chaque société affiche sa trésorerie, son chiffre d'affaires du mois et ses tâches du jour, comme les factures en retard.

Que faut-il prévoir avec votre expert-comptable ?

Avant de créer une nouvelle structure ou de modifier les flux existants, préparez la réunion avec ces questions :

  • Quel est le coût annuel complet de la nouvelle société, en honoraires, frais bancaires et formalités ?
  • Le loyer, les prestations et les refacturations prévus correspondent-ils à des conditions de marché, et sur quelle base ?
  • Faut-il une convention réglementée, et qui l'approuve ?
  • Le régime mère-fille ou l'intégration fiscale est-il intéressant dans notre cas, et à quelles conditions ?
  • Comment la TVA s'applique-t-elle aux loyers et aux prestations entre nos sociétés ?
  • Les exercices doivent-ils avoir les mêmes dates de clôture ?

Les réponses dépendent de votre situation, de vos statuts et de vos projets. L'important est que chaque flux ait une justification économique, un écrit et une facture.

Questions fréquentes

Peut-on utiliser le même compte bancaire pour deux sociétés ?

Non. Chaque société est une personne juridique distincte et doit avoir son propre compte. Mélanger les flux complique la comptabilité, peut fausser la TVA et expose le dirigeant à des reproches, voire à l'abus de biens sociaux si l'argent d'une société profite à une autre sans contrepartie.

Une SCI doit-elle facturer la TVA sur le loyer ?

La location de locaux nus à usage professionnel est en principe exonérée de TVA, mais la SCI peut opter pour la TVA dans certains cas, ce qui lui permet de récupérer la TVA sur l'achat ou les travaux. Le choix a des conséquences sur plusieurs années : il se prépare avec l'expert-comptable.

Une holding peut-elle prêter de l'argent à ses filiales ?

Les prêts de trésorerie entre sociétés ayant des liens de capital sont courants. Ils doivent être prévus par une convention écrite, porter un taux d'intérêt cohérent et respecter les règles de conventions réglementées le cas échéant. Faites valider le montage par votre expert-comptable.

Combien coûte une société de plus ?

Comptez au minimum les honoraires de l'expert-comptable, les frais bancaires, l'assurance, les formalités de dépôt des comptes et le temps de gestion. Selon la taille, cela représente souvent plusieurs milliers d'euros par an, à mettre en face des avantages attendus.

Sources officielles

Article à jour le 23 octobre 2026. Les règles évoluent : vérifiez votre situation sur ces sites ou auprès de votre expert-comptable.